ブルトン・スパニエルは、最適なケアと注意を払えば、健康で長生きを楽しむことができるが、特定の健康問題を抱えやすい。最も一般的な病気や障害には、小脳皮質異栄養症、口唇裂、補体欠損症、緑内障、股関節形成不全、特発性てんかん、水晶体脱臼、進行性網膜萎縮症、網膜形成不全、運動ニューロン疾患や脊髄性筋萎縮症などがあります。
上記の疾患に加えて、OFA(Orthopaedic Foundation for Animals)の犬健康情報センター(CHIC)は、股関節形成不全、あるいは膝蓋骨脱臼、肘関節形成不全、自己免疫性甲状腺炎などの疾患を評価する一連の検査とともに、眼科スクリーニング検査(2~8歳まで毎年)を推奨している。