マンチェスター・テリアは、最適なケアと注意を払えば、健康で長生きすることができますが、特定の健康問題を抱えやすい犬種です。最も一般的な病気や障害には、水頭症、レッグ・ペルテス病、水晶体脱臼、禿頭症、フォン・ウィルブランド病などがあります。
上記の疾患に加え、OFA(Orthopaedic Foundation for Animals)の犬健康情報センター(CHIC)では、心臓と眼のスクリーニング検査、および自己免疫性甲状腺炎、膝蓋骨脱臼、先天性難聴、若年性拡張型心筋症、キサンチン尿症などの疾患を評価するための一連の検査を推奨している。