フレンチ・スパニエルは、最適なケアと注意を払うことで、健康で長生きすることができますが、特定の健康問題にはかかりやすい傾向があります。最も一般的な病気や障害としては、第II因子欠損症、白内障、眼瞼内反症、血友病AおよびB、フォン・ウィルブランド病、顎関節症、口蓋裂、口唇裂などがあります。
上記の疾患に加えて、OFA(Orthopaedic Foundation for Animals)のCanine Health Information Centre(CHIC)では、股関節形成不全、肘関節形成不全、変性性脊髄症、無耳症症候群のスクリーニングを推奨している。